故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。

火野国中1年级的植木耕助，某天突然得到了“将自己认为是垃圾的东西变成树”的能力，授予他这个能力的是天神候补的天界人小林老师。100名天神候补授予各自选中的中学生以不同的能力，让其战斗，能够选中最强中学生的天神候补就可以成为下届的神。于是一场惊天动地的战斗展开了。但是这种能力一旦伤害普通的人类，自身拥有的才能就会一点点消失。然而一旦在战斗中胜出的话，就能拥有”空白之才“（拥有者能拥有任何一种想要的才能），即使是再恐怖的能力也有可能。植木为了不让“空白之才”落入邪恶之人的手中，决定贯彻自己的正义，守护“空白之才”。

戎崎裕一（铃村健一配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚希子（小平有希配音）和医术高明认真负责的一生夏目吾郎（平田广明配音），除此之外，裕一还遇见了那个改变了他一生的少女。少女名叫秋庭里香（高桥美佳子配音），患有先天性心脏瓣膜不全症她是医院里的“常驻人口”。对于外面的陌生世界，里香充满了好奇，而裕一的到来无疑为她打开了一扇通往新世界的大门。尽管里香任性又傲娇，但裕一还是渐渐地喜欢上了这个天真单纯的少女，然而，在灰暗的过去和迷惘的未来之中，裕一能够坚持自己的选择呢？