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年前的科学家塞斯（杰夫•高布伦 Jeff Goldblum 饰）刚刚发明一台能传送物体的“电动传送机”，这台机器能将物体分解，传送完成后再自动合成还原。兴奋不已的塞斯决定亲自体验一下电动传送，于是，他进入了传送仓。不幸的是，一只苍蝇这时也飞进了传送仓，于是，在机器将分解后的塞斯的分子再合成时，将苍蝇的分子也合成到了塞斯的体内。塞斯成了拥有一半苍蝇基因的蝇人。                                                                    起初，塞斯的身体就像蜘蛛侠一样变得强壮和精力旺盛，他的女友维罗尼卡（吉娜•戴维斯 Geena Davis 饰）根本不相信男友的鬼话。但是，随着塞斯的身体迅速的渐渐老去，身体开始长毛，牙齿脱落，浑身冒浆，维罗尼卡渐渐接受了这个事实。她并没有遗弃男友，而是和他一起平静的接受了这个事实，即使他变得血肉模糊，她还是和他一起相拥而眠。

X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开，穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书，某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯，为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往，得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。