妹妹公主RePure是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

在数万年前，梦魔(ナイトメア)想统治整个宇宙，於是派出一大堆魔兽到处侵略。有一群爱好自由的人组成银河战士团与知对抗，不过梦魔的魔兽太多，战士们一个一个倒下了，生还的只有铁面骑士(メタナイト)一个，他相信新的星星战士一定会出现，所以一直活着在宇宙中流浪。他知道DEDEDE大王有魔兽下载系统知后，就成为DEDEDE的部下，因为有魔兽的地方星星战士出现的机率较大。果然新的星星战士－－卡比乘着宇宙船飞来了，但是他比预定的觉醒时间早了两百年，所以什麼都不知道，连说话也不会，不过有很强的战斗潜能。铁面骑士要梦梦(フーム)好好照顾卡比让他成长，以便将来跟梦魔对决。

在一个被称作『逆JAPAN』的空间，每隔44年就会打开一次“妖逆门”释放大量妖怪，一位神秘的少年多闻三志郎将在这里展开异想天开的奇异冒险。