本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/staynight》，是该游戏的Heaven’sFeel路线，简称“HF”或“樱线”，是该系列作品动画剧场版全三部作品中的最终章。在剧场版作品第二章黑化之后的樱吸收了众多Servant的灵魂后，被世间所有的恶控制，成为黑色圣杯的化身。最终，得知一切的士郎放弃了成为正义的伙伴，选择了保护樱...

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(RentonThurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井敏夫一同生活，现正在GenerationBlue（蓝色世代）中。女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（IntelligentFlyingObject）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

　“即使如此人们还是不得不扪心自问、仔细斟酌……”　　尖端岛是一个被油泥海包围着的小岛。　　小岛因70年前发生的战争而被“南大陆自由圈”接管，アキユキ（男）与母亲一起在小岛上生活。　　父亲经营着一间小诊所，过着与母子两人的分居生活。　　某日，アキユキ与好友ハル以及フルイチ在上学的途中被卷入了一起爆炸事件。　　爆炸中，アキユキ的手臂遭到了爆炸物射出的神秘光线的照射，变身成了名为“ザムド（Xam'd）”的怪物。　　就在此时，名为ナキアミ的红发异国少女出现在因丧失自我而四处暴走中的Xam'd面前……　　阻止Xam'd的暴走后，ナキアミ将アキユキ带上了国际邮船ザンバニ号。　　アキユキ为了今后能够控制Xam'd的力量并回到尖端岛，与ザンバニ号上结识的伙伴们一起开始了环游世界的旅行。