在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

大学4年级学生新谷杏奈(池田惠理纱饰)像往常一样上课，发现隔着通道的座位上坐着一个学生，正一脸认真地凝视着自己。他感到害怕，想向朋友求助，回头一看，大教室里所有人的视线都投向了自己。杏奈对不寻常的视线数感到恐惧，跑出教室，但在走廊也感觉到全体学生的视线。急忙回家的杏奈，在街上也一个不剩地注视着自己。第二天杏奈也感受到在场所有人的视线，为了不让任何人看向她，她低着头，唯一把视线从自己身上移开，发现了同样是4年级生的城琢磨(醍醐虎汰朗)……。