平凡高中生多华宫仄（小林裕介配音），过着平平无奇的日子。学校里最受欢迎的被称为“公主”的火火里绫火（濑户麻沙美配音）是他的同班同学，而且是他的邻座。火火里绫火容貌美丽、身材姣好，身边总是围着一大群粉丝，多华宫仄曾以为自己和她永远不会有交集。命运却在这一天发生改变，仄无意中捡到了一只奇怪的兔子布偶，触发了危及性命的灾祸。千钧一发之际，作一身魔女打扮的火火里绫火救了仄，在一片火海中，她说仄是她的“公主”，她的使命就是保护仄。仄对此一头雾水，危险的事情却接踵而至。更神奇的是，仄所在班级迎来了五个魔女插班生，他的生活就此发生巨大的改变。

“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForceII（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。