安昙小太郎（千叶翔也配音）出生在一个传统的日本家庭之中，个性细腻而又温厚的他自幼喜欢读书，暗中希望能够成为一名作家，总而言之是班级中并不起眼的存在。水野茜（小原好美配音）是田径部的种子选手，个性开朗活泼全身上下散发着积极的光芒。这样性格迥异的两人，其生命轨迹被命运推动着联系到了一起。成熟稳重，可靠正直的比良拓海（田丸笃志配音）、温柔坦诚，深受朋友们喜爱的西尾千夏（村川梨衣配音）、严格谨慎，对男生敬而远之的泷泽葵（白石晴香配音）、古灵精怪，令人捉摸不透的山科浪漫（笔村荣心配音），在洋溢着青春气息的校园之中，属于他们的乐章正在谱写。

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“JollyRoger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

　小学生友永勇太和警视厅为了对抗高科技犯罪而知道的AI机器人デッカード成为了好朋友，并以此为契机成为了少年警察官，领导机器警察队“ブレイブポリス”同犯罪做斗争。

雾隐小学校一年级四年级的学生雾隐小太郎住在宁静的青空镇的忍者宅邸里。他是拥有 400 多年历史的忍者雾隐流派的继承人。今天，当小太郎试图偷偷溜出训练去玩耍时，他与他的父亲藤兵卫发生了争吵。然而，当托比扔出炸弹时，他意外地摧毁了藏有悟空的巨石，悟空是阴谋统治整个宇宙的魔界黑暗之王。复活的悟空亚克试图将人类世界变成大魔界，但守护地球的光之战士艾尔德兰牺牲了自己的生命，重新封印了悟空亚克。然而，悟空却抓住了被封印前的空隙，将黑暗魔导士亚米诺留斯三世送到了人类世界。在放学回家的路上，小太郎和他的朋友风祭贵介和流崎力也偶然遇到了巨型机器人 Ganbaruger。在艾尔多兰的请求下，三人成为了“奇迹忍者钢巴队”，身穿钢巴套装并拥有超自然力量的超级英雄。他们被迫与被 Yaminorius 从大魔界召唤来的恶魔生物 Makaiju 战斗，但他们被 Yaminorius 诅咒，如果他们的真实身份被发现，他们就会变成狗。于是，在被诅咒变成狗的藤兵卫（冈）的帮助下，小太郎和他的朋友们过上了小学生和秘密英雄的双重生活。据说，雾隐村先祖所写的记载着魔界秘密的卷轴被附近的猪猫偷走了，其中还记载着如何打破两大魔王悟空亚克兄弟的封印的信息。在与布塔内科 (Butaneko) 和亚米诺留斯 (Yaminorius) 争夺卷轴的战斗结束后，三大魔王 Gokuark、Letharg 和 Saiark 终于复活了……

在未来世纪（FutureCentury，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(GundamFight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的codeerror!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的codeerror!(DevilGundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。